Bernoulli Lab

Savez-vous comment rendre vos publis directement accessibles depuis PubMed (sans contrainte d'abonnement aux revues scientifiques)? 🤓 Comme vous le savez, nous avons à coeur de soutenir le mouvement de la #ScienceOuverte en général, et notamment le dépôt des publications dans l’archive ouverte HAL https://hal.science/ qui permet de les rendre accessibles facilement et gratuitement. On revient aujourd’hui sur une fonctionnalité de HAL particulièrement intéressante dans le domaine des sciences de la vie, à savoir la possibilité de rendre les dépôts HAL directement visibles (et donc accessibles) depuis PubMed https://lnkd.in/gAFmNj6 . Pour en bénéficier, il suffit de préciser lors du dépôt HAL (ou en complétant les méta-données ultérieurement, le cas échéant) l’identifiant PubMed (PMID) associé à la publi. Un mécanisme de synchronisation automatisé (s’effectuant périodiquement toutes les quelques semaines) fera alors remonter dans PubMed le lien vers le dépôt HAL, comme par exemple dans la fiche PubMed ci-dessous (en haut à droite). Dans cet exemple, la revue concernée n’est pas en open access, ce qui rend la fonctionnalité particulièrement précieuse, car la publi complète devient alors universellement accessible depuis PubMed sans contrainte d’abonnement! L’équipe du Bernoulli Lab vous souhaite au passage d’excellentes fêtes de fin d’année! 🎄

Position paper: Operational challenges of building a million-patient cohort from EHRs: The COhort of DIabetic patients (CODIA) on the AP-HP EDS https://lnkd.in/e9TapXrp slides https://lnkd.in/eHU4B-wA How relevant is using EHRs to improve healthcare? #aiForHealth 🔐 what is the adequate level of security to ensure patients' privacy, while allowing research? 🔍 what is in the data? and how to reveal how rich it is? ⚙️ what can we do with it anyway, as it is observational data with many inherent biases? We explore those questions at Soda - Inria within an amazing multidisciplinary group bringing together diabetologists from Greater Paris University Hospitals - AP-HP and epidemiologists from IPLESP (https://iplesp.fr/) to build a cohort of ⭐️>1.5M ⭐️patients with diabetes in the EDS clinical data warehouse to better grasp the heterogeneity of patients' trajectories 🩺, and eventually prevent adverse outcomes by proposing the right treatment 💊 at the right time ⏳ using massive data and appropriate machine learning and statistics tools 👩💻 This paper presents our experience so far, with data scientists of CODIA working hand in hand with the DSN of @APHP to explore how to prepare the data before training algorithms! And the particular challenges coming with dealing with routine-care data: 🕵️♀️ finding out who has diabetes to select the cohort 🩻🧪📨 extracting relevant data from medical notes and combining them together 🏷 working with noisy labels 💨 dealing with missing data 🔐 in a secure GPU-limited environment, contrary to the cloud ☁️ We show that properly extracting information from medical notes with NLP is crucial to fully exploit EHRs. Beyond data preparation, working with EHRs requires new ways to work with (messy) data, and reinvent textbook clinical studies, so exciting times to be at Soda - Inria Can't wait to share the first results on CODIA, spoiler alert the signal in the data is crazy!!! Thanks to my co-data-adventurers, including Gael Varoquaux Louis POTIER Jean-Baptiste JULLA Théo Jolivet Audrey Berges Elise Liu (刘苏静) Julie Alberge Isabel Bonnetier Thomas PETIT-JEAN Romain BEY Candice Estellat Florence Tubach, the 🇪🇺INTERCEPT-T2D project for funding, Bernoulli Lab Soda - Inria and the TIDS (Traitement Informatique des Données de Santé) GDR Madics (https://lnkd.in/e_Gv3F4V) for the organization of the workshop where this contribution was presented! Nicolas Lachiche Natalia GRABAR Christine Sinoquet Adrien Coulet 🚨🚨🚨🚨🚨If you want to join the adventure, we are recruiting a full-time data scientist https://lnkd.in/euMyVURU and a M2 intern https://lnkd.in/et_Q3k9H

🙏 à Emmanuel Bacry et Salam Abbara pour leurs interventions éclairantes lors du dernier webinaire Bernoulli Lab, dédié à l'offre de service du Health Data Hub pour les projets de recherche ! 👉 Emmanuel Bacry (Directeur scientifique du Health Data Hub) a exposé les données composant la Base Principale du Système Nationale de Données de Santé (#SNDS) ainsi que le programme Catalogue du SNDS et les bases de données qui y figurent. Il a également présenté l'offre de service du Health Data Hub, proposée à titre gracieux, à destination des projets de recherche en santé : plateforme technologique à l’état de l’art, accompagnement humain et réglementaire dans l’accès aux données, etc. 👉 Salam Abbara (Médecine interne & maladies infectieuses, PhD en épidémiologie) a présenté le projet BACTHUB, qui vise à établir le lien entre exposition aux antibiotiques et survenue de bactériémies à bactéries résistantes, et qui prend appui sur les données de l'Entrepôt de données de santé de l'Greater Paris University Hospitals - AP-HP appariées avec la base principale du SNDS. Tom MARTY Dominique Chapelle

Cette semaine #DécouvrezLeProjet EUCAIM, né de la nécessité de faire progresser le domaine du diagnostic et du traitement du cancer grâce à l'utilisation de l'IA et de données d'imagerie médicale. L'une des particularités de ce projet est que les données disponibles sont fragmentées à travers l'Europe et le monde. Pour en savoir plus, visionnez la présentation du projet EUCAIM par Laure Fournier (AP-HP, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris) et Francesco Cremonesi (Inria) : https://lnkd.in/ePUy-gQD #SantéNumérique #DigitalHealth #FederatedLearning Laure Fournier Francesco Cremonesi Marco Lorenzi

Cette semaine, le Bernoulli Lab était à l'honneur de l'Apéro Innovation @Hôtel-Dieu I Bits in Bio Paris ! Pour cette session dédiée aux enjeux des projets IA à l'hôpital, un coup de projecteur a été mis : - Sur le projet collaboratif APPRIMAGE, présenté par Ninon Burgos, qui porte sur la validation à grande échelle d’une méthode de machine learning pour l’aide au diagnostic à partir de données d’IRM cérébrale issues de l'#EDS-APHP Greater Paris University Hospitals - AP-HP - Sur l'action du Bernoulli Lab en soutien des projets de recherche associant chercheurs d'Inria et médecins de l'AP-HP, avec l'intervention de Pascaline Safar - Villié Un grand merci à @Hôtel-Dieu, BioLabs France et son chapitre Bits in Bio Paris pour cette mise en lumière et cette belle occasion de networking ! Christophe Tallec Nicolas Castoldi Nina Rognon Gustave Ronteix Dominique Chapelle Quentin Rousseau #ApéroInnovation #BioLabs #BitsinBio

Nous avons eu le plaisir d'accueillir cette semaine les Rencontres scientifiques Inria « Handicap, perte d’autonomie & numérique » à l'@Hôtel-Dieu. Ces rencontres ont été une véritable opportunité de montrer une fois de plus à quel point les sciences du numérique pouvaient être source de solutions innovantes dans le domaine du handicap et de la perte d'autonomie. Nous souhaitions remercier chaleureusement les intervenants venus présenter leurs projets :  🔹 Le HanditechLAB INRIA, par Christine Azevedo et Roger Pissard-Gibollet (Inria) 🔹 La solution Retras pour la rééducation à l'écriture manuscrite, par Louis-Gabriel Pouillot (projet accompagné par l'Inria Startup Studio) 🔹 Les dispositifs de réalité virtuelle ou augmentée développés par l'équipe projet Inria HYBRID, par Anatole Lécuyer (Inria) Ainsi que les intervenants de la table-ronde "Handicap et perte d’autonomie : quelles attentes croisées ?" introduite et modérée par Michel Dojat, directeur scientifique adjoint Biologie et Santé numérique d'Inria :  🔹 François OTTAVI (Myodev) 🔹 Stanley Durrleman (La Clinique du Docteur Mémo) 🔹 Stéphane Andrieux (ONERA - The French Aerospace Lab, Académie des technologies) 🔹 Christine Azevedo (CAMIN Team, Inria). Un grand bravo aux organisateurs de ces Rencontres scientifiques ouvertes sur le monde industriel et institutionnel. Hui-Yin (Helen) Wu, Cécile Mazon, Milene Cassier (She/Her) Philippe Gesnouin, Christelle Ayache #SantéNumérique

Le Bernoulli Lab est ravi d'accueillir les Rencontres scientifiques « Handicap, perte d’autonomie & numérique » 📅 Quand ? mercredi 20 novembre de 10h30 à 14h30 📍Oú ? Hôtel Dieu 👩🏻💻 Inscription : https://lnkd.in/e57PcS-C En marge de la 2e édition des Journées Scientifiques Inria « Handicap, perte d’autonomie et numérique » interne aux chercheurs de l’Institut se tiendra une séquence ouverte à tous. PROGRAMME et INSCRIPTION 👉 https://lnkd.in/e57PcS-C Christelle Ayache Milene Cassier (She/Her), Michel Dojat, Philippe Gesnouin,

[J-1] #DemoDay de PariSanté Campus : c'est demain mardi 5 novembre ! L'équipe du Bernoulli Lab sera présente sur l'espace d'exposition Inria. N'hésitez pas à venir nous rendre visite !

Cette semaine, #DécouvrezLeProjet européen SPRING, qui vise à mettre au point un robot assistant social capable d'offrir un accompagnement multimodal aux personnes âgées lors de leur venue à l'hôpital. Les personnes âgées souffrant de troubles neurocognitifs nécessitent un accompagnement multimodal (social, médical, associatif) au sein duquel les robots sociaux assistants (SARs pour « Socially Assistive Robots ») pourraient intervenir afin d’améliorer le bien-être physique et psychologique des personnes âgées et le maintien de leur qualité de vie. Ces robots sociaux assistants permettraient notamment de mieux informer, orienter et divertir ces patients en visite à l'hôpital. En savoir + : https://lnkd.in/ekm6RKef Anne-Sophie Rigaud Maribel Pino Xavier Alameda-Pineda Le projet SPRING est coordonné par Inria et réunit 8 partenaires de 6 pays européens, dont l'AP-HP et Inria. Il s'inscrit dans le cadre du Programme #H2020-ICT En savoir + :

📣 La Direction générale de l'offre de soins (DGOS) lance la 2nd édition de l'appel à projets "DAtAE" pour l'exploitation des entrepôts de données de santé hospitaliers 🔍 hashtaghashtag #DATAE est le premier appel à projets "Données de santé et applications" destiné à l'exploitation des données des entrepôts de données de santé #EDS) hospitaliers à des fins de recherche et d'innovation 🔍 Le programme doté de 3,5 millions d’€ est opéré par le Health Data Hub 📅 Date limite de dépôt de candidature : 16 janvier 2025 (annonce des lauréats au printemps 2025) ▶ Pour en savoir plus : https://lnkd.in/edx6N_7v ▶ Pour candidater : https://lnkd.in/dEHgfUWD Ministère des Solidarités, Direction générale de l'offre de soins (DGOS), Marie Daudé, Julie Lagrave, Vincent Vauchel, Lionel DA CRUZMarc Bardou, Azilis Le Masne, Teddy Léguillier, Zhanna Santybayeva, PhD, Aline Guerci, Cécile F., Virginie DELATTRE, Xavier Ané; Alexis Hecht Stéphanie Combes,